महाराष्ट्र - राज्यव्यवस्था व शासनव्यवस्था - महाराष्ट्रातील केंद्राच्या अखत्यारीतील संशोधन संस्था

* इंडियन इन्स्टिट्यूट ऑफ ट्रॉपिकल मिटीऑरॉजी - पुणे

* सेंट्रल वॉटर अँड पॉवर रिसर्च स्टेशन, खडकवासला - पुणे

* इंडियन इन्स्टिट्यूट ऑफ जिओमॅग्नेटिझम - मुंबई

मध्यवर्ती संशोधन संस्था

* वुल रिसर्च असोसिएशन - मुंबई

* नॅशनल केमिकल लेबॉरेटरी - पाषाण पुणे

* मुंबई टेक्सटाईल रिसर्च असोसिएशन - मुंबई

* नॅशनल एन्व्हायरमेंटल इंजिनिअरिंग रिसर्च इन्स्टिट्यूट - नागपूर

* ऑटोमोटिव्ह रिसर्च असोसिएशन ऑफ इंडिया - पुणे

संरक्षण मंत्रालयाने चालविलेल्या संस्था

* इन्स्टिट्यूट ऑफ आर्मामेंट टेक्नॉलॉजी - पुणे

* आर्मामेंट रिसर्च अँड डेव्हलपमेंट एस्टाब्लिशमेंट - पुणे

* एक्सप्लोझिव्ह रिसर्च अँड डेव्हलोपमेंट लॅबोरेटरी - पुणे

* रिसर्च अँड डेव्हलपमेंट इंजिनिअर्स - दिघी पुणे

* नेव्हल केमिकल अँड मेटॉलॉजिकल लॅबोरेटरी - मुंबई

* हाय एनर्जी मटेरियल रिसर्च अँड डेव्हलपमेन्ट एस्टॅब्लिशमेंट - अहमदनगर

अणुसंशोधन संस्था

* भाभा ऍटोमिक रिसर्च सेंटर - मुंबई

* इंडियन रेअर अर्थ लिमिटेड - मुंबई

* टाटा इन्स्टिट्यूट ऑफ फंडामेंटल रिसर्च - मुंबई

* ऍटोमिक पॉवर प्लॅन्ट - तारापूर - ठाणे

* न्यूक्लिअर पॉवर कार्पोरेशन ऑफ इंडिया लिमिटेड - मुंबई

अणुक्षेत्रातील अनुदानित संशोधन संस्था

* सहा इन्स्टिट्यूट ऑफ न्यूक्लिअर फिजिक्स - मुंबई

* टाटा मेमोरियल सेंटर - मुंबई

* ऍटोमिक एनर्जी एज्युकेशन सोसायटी - मुंबई

* बोर्ड ऑफ रिसर्च इन न्यूक्लिअर सायन्सेस - मुंबई

वैद्यकीय क्षेत्रातील संशोधन संस्था

* नॅशनल एड्स रिसर्च इन्स्टिट्यूट [ NARI ] - भोसरी

* आय. सी. एम. आर. जेनेटिक रिसर्च सेंटर - मुंबई

* इंडियन ड्रग रिसर्च लॅबोरेटरी - पुणे

* इंट्रोव्हायरस रिसर्च सेंटर - मुंबई

* नॅशनल इन्स्टिट्यूट ऑफ व्हायरॉलॉजी - पुणे

* हाफकिन इन्स्टिट्यूट - मुंबई

* इन्स्टिट्यूट ऑफ नेव्हल मेडिसिन - मुंबई

* जसलोक रिसर्च सेंटर - मुंबई

* रिजनल कॅन्सर सेंटर - टाटा मेमोरियल हॉस्पिटल - मुंबई

* इन्स्टिट्यूट ऑफ रिसर्च इन रिप्रॉडक्शन - मुंबई

* ऑल इंडिया इन्स्टिट्यूट ऑफ फिजिकल मेडिसिन अँड रिहॅबिलिटेशन - मुंबई

* इंटरनॅशनल इन्स्टिट्यूट ऑफ पॉप्युलेशन स्टडीज - मुंबई

* कुत्रिम अवयव केंद्र - वानवडी पुणे

भारतीय कृषी संशोधन संस्था

* कॉटन टेक्नॉलॉजिकल रिसर्च लॅबोरेटरी, मुंबई

* नॅशनल ब्युरो ऑफ सॉईल सर्वे अँड लँड युज प्लॅनींग - नागपूर

* सेंट्रल इन्स्टिट्यूट फॉर कॉटन रिसर्च - नागपूर

* सेंट्रल इन्स्टिट्यूट ऑफ फिशरीज एज्युकेशन - मुंबई

* नॅशनल रिसर्च सेंटर फॉर सिट्स - नागपूर

* नॅशनल रिसर्च सेंटर फॉर ग्रेप्स - पुणे

प्रशिक्षण संशोधन संस्था

* आघारकर रिसर्च इन्स्टिट्यूट - पुणे

* भारत इतिहास संशोधन मंडळ - पुणे

* फिल्म अँड टेलिव्हिजन इन्स्टिट्यूट - पुणे

* भांडारकर प्राच्यविद्या संशोधन मंदिर - पुणे

* महाराष्ट्र राज्य शैक्षणिक संशोधन व प्रशिक्षण संस्था - पुणे

* भारतीय ऍग्रो इंडस्ट्रीज फाउंडेशन - उरळी कांचन - पुणे

* मुंबई नॅचरल हिस्ट्री सोसायटी - मुंबई

* टेक्सटाईल इन्स्टिट्युट, इचलकरंजी - कोल्हापूर